svnthronin

Думаю, на этот счёт сейчас будет очень много разных версий от кого угодно. Я же порекомендовал бы прочесть на эту тему лишь самые достойные вашего внимания посты и статьи. Версий (наиболее вероятных) по сути всего 2:
- прямой заказ Путина (так называемая «оппозиционная» версия)
- «самоволка» взрощенных им адептов (нациков, черносотенцев, «Антимайдана»).

Антон Носик, Дмитрий Быков и Владимир Пастухов стоят на 2-ой версии, как бы отмазывая Путина. У них свои аргументы, и вполне вероятно, что их версия не лишена оснований. Однако, лично мне, интуитивно ближе версии от Владимира Милова, Леонида Волкова, Алексея Навального и Андрея Илларионова.
Версии предложенные властью я озвучивать не собираюсь, их много, и в ниже приведённых постах они рассматриваются:

Владимир Милов – «Кто организовал убийство Немцова?»
http://v-milov.livejournal.com/404358.html

Леонид Волков – «Кто убил Бориса Немцова?»
http://leonwolf.livejournal.com/563244.html

Алексей Навальный – «Об убийстве Бориса Немцова»
https://navalny.com/p/4156/

Дмитрий Быков – «Убийство Немцова – кто виноват и что будет?»
http://sobesednik.ru/dmitriy-bykov/20150303-dmitriy-bykov-ubiystvo-nemcova-kto-vinovat-i-chto-budet

Андрей Илларионов – «Дезинформация властей и реконструкция убийства»
http://aillarionov.livejournal.com/797371.html

Владимир Пастухов – «Убийство Немцова, политическая реконструкция»
http://www.novayagazeta.ru/politics/67493.html

Напоследок я бы ещё поделился ссылками на:

Впечатление от Траурного марша Алексея Поликовкого:
Алексей Поликовский – «Немцовский мост»
http://novayagazeta.livejournal.com/2882872.html

и статьёй Марка Урнова:
Марк Урнов – «Активизация ненависти»
http://novayagazeta.livejournal.com/2884459.html

UPD: Кашин
краткая цитата: "Немцова убили, потому что в России сейчас слишком много ненависти", — формула соблазнительная, но тоже в ней что-то не то. Ненависть по отношению к злу — это нормальная человеческая реакция, и как раз такая человеческая реакция в нашем обществе скорее подавлена.
http://obozrevatel.com/blogs/59168-nemtsov-byil-edinstvennyij-nemutnyij-sredi-oppozitsionerov.htm